Prinzipiell ist das Untersuchungsspektrum am PET/MRT mit den gleichen Radiopharmaka durchführbar wie am PET/CT. Bei Untersuchungen, die einen besonders hohen Weichteilkontrast, spezielle funktionelle Aspekte oder auch spezifischere Kontrastmittel in Kombination mit einer oder mehreren Stoffwechselinformationen benötigen, ist die PET/MRT am geeignetsten. Schwerpunkte bilden hierbei die Diagnostik des Prostatakarzinoms durch die Kombination von diffusionsgewichteten Sequenzen, Kontrastmitteldynamik, sehr hohem T2-gewichteten Weichteilkontrast und den metabolischen Informationen des [18F]Fluor(m)ethylcholin sowie des 68Ga-PSMAHBED-CC. Dies ermöglicht eine optimale lokale Beurteilung des Organs sowie auch ein zuverlässiges Ganzkörperstaging.
Weitere Schwerpunkte am PET/MR Scanner der MedUni Wien bildet die Diagnostik von Lymphomen mittels Ganzkörper [18F]FDG-PET und Ganzkörper-MR-Diffusionsbildgebung sowie auch die Diagnostik von Lebertumoren und -metastasen, u.a. mittels multiphasischer Kontrastmittel-MRT in Kombination mit [18F]Fluor(m)ethylcholin und [18F]FDG-PET zur Detektion und Tumorcharakterisierung von lebereigenen Tumoren.
Im Bereich der neuroonkologischen und neurodegenerativen Diagnostik wird am PET/MRT ebenfalls das gesamte Untersuchungsspektrum der nuklearmedizinischen PET-Diagnostik in Verbindung mit multiparametrischer MRT-Diagnostik abgebildet (siehe hierzu auch Bereich Neuronuklearmedizin).
In der kardiologischen Diagnostik ermöglicht die simultane PET/MRT mit radioaktivem Ammoniak und [18F]FDG in Verbindung mit der kontrastmittelgestützten MRT die gleichzeitige Diagnostik von Durchblutungsstörung und Vitalität des Herzmuskels sowie auch der Darstellung und Charakterisierungen von Narbenbereichen und weiteren kardialen Pathologien.